盐城师范学院档案馆是学校档案工作的职能管理部门和永久保存、提供利用本校档案的信息中心。其前身为盐城师范专科学校综合档案室，成立于1986年4月；2009年6月，升格为档案馆；2017年8月，档案馆与图书馆合署，校史馆挂靠档案馆。档案馆现为中国档案学会会员单位，江苏省档案学会理事单位，江苏省高校档案研究会理事单位，盐城市高校、中专校档案协作组组长单位。

2005年新校区启动建设后，学校在标志性建筑图书馆楼一楼建设档案馆舍，使用面积2200平方米，密集架700多立方米，所有档案用房安装中央空调；2014年档案馆安装库房安全保护综合智能管理系统。这些为档案工作的顺利开展创造了良好的环境和条件，大大提高专业化水平。

档案馆设有综合档案科（下设文书档案室、学生档案室）、校史编研科。馆藏档案包括党群、行政、教学、科研、基建、出版、产品、设备、外事、财会、声像等综合类档案近十万余件（卷）。这些重要的信息资源和文化财富，是学校办学历程最为直接、最为真实的历史记录，并为学校行政管理、人才培养、科学研究、学科建设、校园建设等各项工作发挥了重要辅助作用。